装卸费不能抵扣的原因主要在于它们不属于增值税应税项目，而是被计入费用中。具体来说，有以下几点：
非增值税应税项目：
装卸费通常被视为一种服务费用，而不是货物或劳务的购买，因此不能作为增值税的进项税额进行抵扣。
增值税扣税凭证问题：
根据相关税法规定，只有符合法律、行政法规或国务院税务主管部门规定的增值税扣税凭证，其进项税额才能从销项税额中抵扣。而装卸费往往没有相应的增值税扣税凭证，或者不符合规定，因此不能抵扣。
运费与装卸费的分离：
运费本身可以抵扣，但如果运费中包含了装卸费等其他杂费，则这些杂费不能单独抵扣。只有运费部分可以计算进项税额。
发票类型：
如果装卸费与运费开在同一张增值税专用发票上，并且不属于《增值税暂行条例》第十条第（五）项规定的情形，则装卸费上注明的进项税额可以申请抵扣。但如果装卸费是单独开具的普通发票，则不能抵扣进项税额。
综上所述，装卸费不能抵扣的主要原因是它们不属于增值税应税项目，缺乏相应的增值税扣税凭证，且通常与运费等其他费用分开计算。为了确保合规性和最大化税务效益，企业应确保相关费用的发票和记录符合税法规定，以便进行正确的税务处理。
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